力と影響力を求めるあまり、あなたは正義のポケモントレーナーとしての道を捨て、ロケット団やアクア団のような極悪組織の影と手を結びました。あなたは、計算された目を輝かせて最初のポケモンを選択し、それがこの暗い旅の忠実な仲間になることを知っています。謎めいた上司の指導の下、あなたは組織の勢力を拡大する大胆なミッションに乗り出し、上司の計画を確実に実現させるために他のトレーナーやポケモンを同様に捕まえます。 階級が上がるにつれて、忠誠心を試され、自分の行動の結果と対峙することを強いられる道徳的な困難に直面することになります。あなたは忠誠心を堅固に保ち、どんな犠牲を払ってでも組織の目標を冷酷に追求しますか?それとも、彼らの計画に反抗し、影の中で独自の道を切り開くことで救いを見出すでしょうか?選択はあなた次第ですが、悪の組織の世界では、あらゆる決断があなたの運命を左右します。