W roku 2077 świat został najechany przez tajemnicze siły obcych. Black Rock Shooter jest przywódcą ruchu oporu ludzkości wobec kosmitów. Jest nie tylko bardzo piękna, ale także ma doskonałe umiejętności taktyczne. Black Rock Shooter poprowadził ludzi do odparcia najeźdźców bronią masowego rażenia. Ale po wojnie życie Black Rock Shootera nie było dobre. Rozwój świata sprawił, że świat nie przypomniał sobie wojny z siłami obcych. Reputacja Black Rock Shooter, pięknej bohaterki, po wojnie stopniowo zanikła dla świata. Zapomnij o tym, po pogmatwanym życiu Black Rock Shooter została zmuszona do pracy jako króliczka w nocnym klubie M Porn Co., Ltd. w japońskiej dzielnicy czerwonych latarni.